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Useful R techniques 1

Kazu Nozue / 2020-12-24

mtcars %>% rownames_to_column() %>% filter(str_detect(rowname,"Mazda")) ## rowname mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb ## 1 Mazda RX4 21 6 160 110 3.9 2.620 16.46 0 1 4 4 ## 2 Mazda RX4 Wag 21 6 160 110 3.9 2.875 17.02 0 1 4 4 mtcars %>% rownames_to_column() %>% …

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Annotating sequences by benchling.com

Kazu Nozue / 2018-12-06

Annotating sequences is critical for making a construct in molecular biology. Benchling.com is a powerful tool for automating the annotation process. This example explains how to label “2x35S promoter” region in sequences of interest. […] benchling.com plasmid annotation (step1) […] …

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その実験、再現できなければ意味がない

Kazu Nozue / 2018-09-18

数年前、理化学研究所の研究者がNatureに発表した論文が元で1人の自殺者と多額のお金を使った再現性検証実験、多数の人を巻き込んだだけでなく、世間の注目を浴びる大事件になりました。その騒動の一部始終と詳細はここでは扱いませんが、科学(Science)に関わる者として最も致命的と感じることは、論文で発表された研究が本人でさえも再現できなかったということです。 […] 公式見解は詳細すぎるので省略しますが、研究者の端くれとしての私の印象は、実験の記録とサンプルと試薬の管理がお粗末だったこと、データのまとめ方と発表の仕方に誠意が全く感じられないことが再現できなかった原因でしょう。 …