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Differential expression analysis with public available sequencing data

Kazu Nozue / 2018-10-01

Please download and modify your input/output file location […] Let’s use published RNA-seq data from Arabidopsis thaliana mutants (npr1-1 and npr4-4D) Ding (2018). library(tidyverse) library(stringr) library(edgeR) Trimming unnecessary sequences from data (such as adaptors) by trimmomatic …

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Over-representation analysis 4: heatmap visualization

Kazu Nozue / 2018-09-27

Similar analysis was found in Guangchuang Yu bioconductor vignettes page. library(tidyverse);library(ShortRead);library(goseq);library(GO.db);library("annotate") load GOseq function # download cDNA info directly from TAIR …

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Over-representation analysis 1: GOseq with GO terms in unsupported model organisms

Kazu Nozue / 2018-09-26

Over-representation analysis (“enrichment analysis”) of RNA-seq data considering cDNA length effects with unsupported model organisms. […] Among many transcriptome analysis platforms, transcriptome analysis by next-generation sequencing (RNA-seq) has been used widely among model and non-model …

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How to make QRcode by R + ggplot2

Kazu Nozue / 2018-09-24

library(qrcode) library(tidyverse) ## ── Attaching packages ───────────────────────────────────── tidyverse 1.2.1 ── ## ✔ ggplot2 3.1.0 ✔ purrr 0.2.5 ## ✔ tibble 1.4.2 ✔ dplyr 0.7.7 ## ✔ tidyr 0.8.2 ✔ stringr 1.3.1 ## ✔ readr 1.1.1 ✔ forcats 0.3.0 ## ── Conflicts …

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その実験、再現できなければ意味がない

Kazu Nozue / 2018-09-18

数年前、理化学研究所の研究者がNatureに発表した論文が元で1人の自殺者と多額のお金を使った再現性検証実験、多数の人を巻き込んだだけでなく、世間の注目を浴びる大事件になりました。その騒動の一部始終と詳細はここでは扱いませんが、科学(Science)に関わる者として最も致命的と感じることは、論文で発表された研究が本人でさえも再現できなかったということです。 […] 公式見解は詳細すぎるので省略しますが、研究者の端くれとしての私の印象は、実験の記録とサンプルと試薬の管理がお粗末だったこと、データのまとめ方と発表の仕方に誠意が全く感じられないことが再現できなかった原因でしょう。 …